Die ersten Mönche ließen sich, vom thüringischen Mutterkloster Volkenroda kommend, 1133 in Waldsassen nieder. Weil der Zisterzienserkonvent rasch an Mitgliedern gewann, wurde auch ein Klosterbau vorangetrieben. Die erste Klosterkirche, eine romanische Basilika mit Querhaus und Staffelchor weihte man 1179 ein und diese war dann 400 Jahre lang der Hauptort der Klostermusik.
Eine erste Orgel soll wohl im 15. Jahrhundert während der Gotisierung der Klosterkirche eingebaut worden sein, allerdings fiel diese mit dem Rest der Kirchenausstattung einem Brand im Landshuter Erbfolgekrieg 1504 zum Opfer.
1556 führte Pfalzgraf Ottheinrich (1502 – 1559) im Waldsassener Stiftland die Reformation ein, der Prior des Klosters und die meisten Mönche wandten sich dem Luthertum zu, die anderen verließen Waldsassen. Die offizielle Auflösung des Klosters erfolgte 1571 durch den calvinistischen Pfalzgrafen Friedrich III.
Nachdem Waldsassen 1628 Herzog Maximilian von Bayern zugesprochen worden war, ließ man die Oberpfalz rekatholisieren. In dem Zuge wurden auch viele Klöster wiedergegründet, sodass 1661 erste Zisterzienser aus Fürstenfeld nach Waldsassen kamen und die Filiale 1669 zum Superioriat wurde. 1690 erhob man das Kloster zur selbstständigen Abtei. 1661 begann man auch mit dem Neubau der Klosteranlage und der Klosterkirche, wobei der Grundstein für diese 1685 gelegt und vier Jahre später mit dem Bau begonnen wurde. Bedeutende Meister wie Georg Dientzenhofer und Abraham Leuthner waren am Bau beteiligt, die reiche Stuckausstattung schuf Giovanni Battista Carlone, der kurz zuvor den Passauer Dom stukkiert hatte. Die Deckenfresken, die Szenen aus dem Leben Jesu Christi zeigen, stammen von dem Prager Maler Johann Jakob Steinfels. Bemerkenswert ist auch das von Martin Hirsch 1696 errichtete Chorgestühl.
Den Auftrag zum Bau einer neuen Orgel erhielt 1698 der Salzburger Meister Christoph Egedacher d. J. Sie verfügte über zwei Manuale und Pedal. 1718 erfolgte eine Überarbeitung. Die erste, dem Kirchenraum angemessene Orgel mit dem heute noch bestehenden Prospekt wurde ab 1738 von Johann Konrad Brandenstein aus Stadtamhof erbaut, wobei er die meisten Register Egedachers übernahm, jedoch größere Mensuren verwendete und so der Orgel neben einem größeren Klangfarbenreichtum auch zu mehr Brillianz und Tragfähigkeit verhalf.
Neben der Hauptorgel baute der Orgelbauer Wenzl Stark in das Fenster in der Südwand des Chorgestühls auch eine Chororgel ein.
Während der Säkularisation 1803 löste man das Kloster auf und die Stiftskirche wurde zur Waldsassener Pfarrkirche. Fortan lag die Pflege der Kirchenmusik in weltlicher Hand. Das Kloster wurde zwar ab 1864 wieder von Zisterzienser-Nonnen besiedelt, jedoch baute man diesen eine eigene, kleinere Klosterkirche, die man 1924 einweihte.
Die immer wieder reparierte Brandenstein-Orgel ersetzte man 1864 durch einen Umbau des Orgelbauers Augustin Bittner aus Nürnberg, der die Disposition von 37 Register auf 32 verkleinerte und die Spieltraktur, Bälge, Windladen und den Spieltisch ersetzte. Da aber die Chorfenster kurz darauf zerbrachen, war die Orgel den Witterungseinflüssen stark ausgesetzt und verfiel zusehends. Verschiedene Reparaturmaßnahmen brachten nur kurzzeitige Abhilfe, sodass die Firma Binder & Siemann aus München 1814 mit einem Orgelneubau beauftragt wurde. Diese bekam 44 Register auf drei Manualen und Pedal und war erstmals mit einem elektrischen Gebläse, einem Register- und zwei Jalousieschwellern ausgestattet. Die Disposition war dem damaligen Klangempfinden entsprechend sehr grundtönig angelegt. Bedingt durch den Ersten Weltkrieg bereitete die Finanzierung des Neubaus große Probleme und zog sich bis nach dem Krieg hin.
Die Orgelbewegung erfasste in den 1960er Jahren auch die Binder & Siemann-Orgel, die Grundtönigkeit entsprach nicht mehr dem Zeitgeschmack und so baute Alfons Zeilhuber aus Altstädten im Allgäu die Orgel um. Das bisher leerstehende Rückpositivgehäuse bestückte man mit 7 Registern, was auch einen neuen viermanualigen Spieltisch erforderte. Die Disposition wurde entsprechend aufgehellt. Auch die Chororgel, die nach der Säkularisation verkauft worden war, wurde mit 21 Registern wieder zum Leben erweckt und war von einem eigenen Spieltisch beim Marienaltar, aber auch von der Westempore aus spielbar.
Dem orgelaffinen Stadtpfarrer Vitus Pschierer war es zu verdanken, dass diese Maßnahmen noch nicht das Ende der Orgelbautätigkeiten bedeuteten. Man wollte die bestehende Zeilhuber-Orgel noch weiter ausbauen, entschied sich aber für einen Neubau durch die Firma Pfaff aus Überlingen am Bodensee. Dieser bekam einen fünfmanualigen Spieltisch, wobei das vierte und fünfte Manual der Chororgel dienten, die jedoch weiterhin vom eigenen Spieltisch am Marienaltar spielbar war. 1983, nun mit der Firma Jann aus Laberweinting, erweiterte man die Chororgel, die in zwei Werke auf der Epistel- und Evangelienseite aufgeteilt war, um ein Fern- und ein Chamadewerk unter der Kirchendecke über der Sakristei.
1989 wurde mit Unterstützung durch Prof. Günther Kaunzinger aus Würzburg auch die Hauptorgel auf der Westempore nochmals vergrößert. Dekan Pschierer ernannte Prof. Kaunzinger für seine Bemühungen zum „Titularorganisten“. Als vorerst letzten Bauabschnitt erhielt die Orgel 1992 und 1993 auf Anraten des berühmten französischen Organisten Jean Guillou (1930 – 2019) zwei identische Spieltische mit 6 Manualen. Der eine steht mit mechanischer Traktur auf der Westempore, der andere, elektrisch und fahrbar konzipiert, kann durch eine Hydraulik sogar Treppenstufen überwinden und so an beliebiger Stelle im Kirchenraum platziert werden.
Die Orgelanlage mit ihren insgesamt 103 Registern ist darauf ausgelegt, neben den liturgischen Aufgaben das Spiel jeglicher Orgelliteratur zu ermöglichen, verschafft den Organisten aber auch raffinierte Klangwirkungen durch die im Kirchenraum verteilten Orgelwerke. Die Orgel ist eine der größten in Bayern und war bis zum Bau der Regensburger Domorgel die größte in der Oberpfalz.
Unter Federführung von KMD Andreas Sagstetter wurde die Orgel durch die Firma Mühleisen aus Leonberg bei Stuttgart 2018 ausgereinigt und behutsam nachintoniert, der Einbau eines weiteren Registers mit Glaspfeifen ist geplant.