Laut der bisherigen Literatur soll Anton Bayr in Heidingsfeld (heutiger Stadtteil von Würzburg) geboren worden sein, jedoch findet man in den Büchern keinen Eintrag dazu. Am 10. Mai 1745 heiratete er in der Münchner Liebfrauenkirche (heute Dom), wobei sein Herkunftsort mit „Weltingsfelden in Franckhen“ angegeben wurde. Vermutlich ist damit das heutige Weldingsfelden, Stadtteil von Ingelfingen im Hohenlohekreis (Baden-Württemberg) gemeint. Tatsächlich war auch die Taufe Anton Bayrs am 21. Februar 1715 in den Kirchenbüchern von Jagstberg, das zu Weldingsfelden gehörte, eingetragen.
Anton Bayr betrieb seine Orgelbauwerkstätte in München und baute zahlreiche Orgeln in Bayern, wozu bis 1779 auch Weng gehörte. Hier erbaute er 1774 die Orgel mit einem Manual, Pedal und 10 Registern. 1828 erfolgte eine erste Reparatur durch Anton Schwarzmayr, Wippenham/Innviertel. Franz Sales Ehrlich (Braunau am Inn) baute die Orgel 1870 um: Neue Balganlage und neuer Spieltisch mit Blick zum Hochaltar. 1911 wurde die Orgel ein weiteres Mal repariert, wobei auch 5 neue Register (Gamba 8′, Principal 8′, Philomele 8′, Bordun 8′, Octavbass 8′) eingebaut wurden. Das Instrument war von der Abgabepflicht der Prospektpfeifen im I. Weltkrieg befreit, weil diese vorher übermalt und somit als minderwertig erachtet wurden. 1941 reparierte Matthäus Mauracher (Salzburg) die Orgel erneut und baute dabei ein elektrisches Gebläse ein. Eine letzte Reparatur geschah 1970 durch Gottfried Seitz, St. Florian bei Linz. Dieser baute die kurze Oktave zu einer chromatischen Tonfolge ab E um und ersetzte die Philomele 8′ durch eine Flöte 4′. Seither verfiel die Orgel und wurde zunehmend unspielbar. 2008 gründete sich ein Orgelbauverein, der eine Reaktivierung der Orgel anstrebte, wobei wegen der auch anstehenden Kirchenrenovierung weitere 10 Jahre ins Land gingen, bis man die Orgelfrage wieder aufgriff. In dem Zuge erkannte man auch den historischen Wert der Orgel, handelte es sich in Weng doch um eines von drei noch erhaltenen Instrumenten Anton Bayrs, wobei das in Weng noch 60 % des historischen Pfeifenmaterials aufwies. Schnell kristallisierte sich heraus, dass man eine Rückführung in den Originalzustand anstreben sollte, wobei mehrere Orgelbauwerkstätten aus ganz Europa um ein Angebot gebeten wurden. Den Zuschlag erhielt schließlich die Firma Orgelbau Edskes aus der Schweiz. In dem Zuge wurde auch das historische Gehäuse restauriert und die bekrönende Uhr wieder in Gang gesetzt. Am 10. Juli 2021 weihte man das restaurierte Instrument wieder ein.