Die erste Orgel in Waldkirchen wurde 1769 erwähnt. Dreizehn Jahre später, 1782, brannten der Markt, die Kirche und deren Orgel ab. Im selben Jahr wurde eine neue Orgel gebaut, die aber allgemein als von schlechter Qualität bezeichnet wurde.
Es gibt wenig Informationen über das nächste Instrument. Es ist nur bekannt, dass es aus 33 Manual- und 7 Pedalregistern bestand sowie diverse Spielhilfen enthielt, und dass sie 1919 von Michael Weise aus Plattling modifiziert wurde. Der Klang galt als “kraftvoll und farbenreich”.
Zu Beginn des 20. Jahrhunderts änderte sich der Geschmack im Orgelbau, und die bestehende Orgel wurde als unzureichend angesehen. Mit Becker und Hiendl in Passau unterzeichnete die Kirchenverwaltung einen neuen Orgelbauvertrag. Die neue Orgel verfügte über 26 Manual- und 5 Pedalregister. Die Einwohner Waldkirchens sammelten 150 kg Blei für die Pfeifen.
Gegen Ende des Zweiten Weltkriegs wurde die Innenstadt Waldkirchens durch einen Fliegerangriff niedergebrannt, Kirche und Orgel wurden abermals zerstört. Wenige Jahre später baute man die Kirche wieder auf. Im Jahr 1949 baute G. F. Steinmeyer & Co. (Oettingen) die Chororgel und 1951 Orgelbau Eisenbarth (Passau) die neue Hauptorgel. Die Chororgel konnte mit dem Spieltisch der Hauptorgel gekoppelt werden und bot so die Möglichkeit eines vollen und raumfüllenden Klangs. Die pneumatische Traktur war jedoch unzuverlässig und so reiften Pläne für eine neue Orgel.
Die heutige Hauptorgel, die wiederum von Orgelbau Eisenbarth aus Passau erbaut wurde, erhielt ihre Weihe 2007. Viele Register des Vorgängerinstruments fanden neue Verwendung und wurden entsprechend umintoniert. Die Chororgel von 1949 wurde ebenfalls renoviert. Sie kann nun vom 4. Manual des Hauptspieltisches gespielt werden. Darüber hinaus ist es möglich, das Schwellwerk der Hauptorgel vom 2. Manual des Chororgelspieltischs anzuspielen.
Konzeptionell ist die Orgel sehr vielseitig, mit einer Vorliebe für die französische Romantik. Sie enthält viele farbige Grundregister und einen vollen Zungenchor im Schwellwerk.
Aufgrund der ursprünglich suboptimalen Aufnahmeposition wurde die Hauptorgel inklusive der Tremulantenregister 2021-22 noch einmal neu aufgenommen. Die Samples der Chororgel wurden neu bearbeitet.